Stanković bắt đầu đá bón cho FK Teleoptik, một câu lạc bộ gần Zemun. Khi anh được huấn luyện viên của Sao Đỏ là Branko Radović, Stanković khi đó chỉ mới 14 tuổi đã được chuyển sang đội trẻ của Sao Đỏ Beograd.

Sao Đỏ Beograd

Stanković sau đó đã tốt nghiệp từng hạng dành cho từng lứa tuổi tại câu lạc bộ quê nhà.[2] Ở đội trẻ, anh được dẫn dắt bởi huấn luyện viên Pižon Petrović, chơi cùng với các cầu thủ chuyên nghiệp trong tương lai là Nikola Lazetić và Nenad Lalatović.

Trong mùa giải 1994–95, Stanković được ra sân thi đấu lần đầu tiên nhờ sự cho phép của huấn luyện viên trưởng Ljupko Petrović trong trận đấu với đội bóng đối thủ OFK Beograd. Cùng với các cầu thủ Rambo Petković, Darko Kovačević, và Nebojša Krupniković để giành vị trí dẫn đầu cho đội bóng, cầu thủ 16 tuổi Dejan được ra sân bảy lần khi đội bóng của anh giành chức vô địch mùa giả. Bàn thắng đầu tiên của anh ghi là vào lưới đội Budućnost Podgorica, sớm giúp anh trở thành một cầu thủ thường xuyên trong đội hình và được người hâm mộ ưa thích. Trước khi mùa giải 1997–98 bắt đầu, anh trở thành đội trưởng khi được 19 tuổi, đây là đội trưởng nhỏ tuổi nhất trong lịch sử câu lạc bộ.

Trong suốt đầu thập niên 90, Sao Đỏ bị cấm thi đấu quốc tế do lệnh cấm vận của Liên Hiệp quốc áp đặt lên Nam Tư, điều này khiến cho đội không thể thi đấu ở các giải châu Âu. Lệnh cấm bị bãi bỏ vào mùa 1996–97, và Stanković đóng vai trò quan trọng trong chiến thắng trước đội Kaiserslautern trong Cup Winners' Cup.

Lazio

Mùa hè năm 1998, anh được chuyển nhượng với giá 7,5 triệu bảng Anh (24 triệu Mark Đức) đến câu lạc bộ Lazio,[cần dẫn nguồn] nơi anh ghi bàn thắng đầu tiên ở giải Serie A vào lưới Piacenza ngày 13 tháng 9 năm 1998. Trong khoảng thời gian này, Lazio có một đội hình toàn các ngôi sao, nhưng Stanković nhanh chóng giữ vững được vị trí trong đội hình xuất phát bất chấp sự cạnh tranh từ các trung vệ trong đội như Pavel Nedvěd, Juan Sebastián Verón, và Roberto Mancini. Anh cùng với Nedvěd và Mancini tạo thành tuyến giữa vững chắc và trở thành một phần quan trọng cho sự thành công của Lazio trong ở giải. Hiệu suất thi đấu và màn trình diễn ấn tượng giúp anh có biệt danh Il Dragone (The Dragon) từ người hâm mộ.[3] Anh có năm mùa bóng rưỡi thành công tại biancoceleste của thành Roma, trước khi được chuyển đến thi đấu cho Inter Milan vào tháng 2 năm 2004.

Inter Milan

Khi Stanković bắt đầu mùa giải 2003-04 tại Lazio, đội bóng này đang phải đối phó với tình trạng khó khăn về tài chính và buộc phải bán đi nhiều cầu thủ tốt nhất của đội. Các đội bóng lớn ở châu Âu biết rằng câu lạc bộ sẽ phải bán cầu thủ trung vệ trong tương lai gần, do đó đã diễn ra cuộc canh tranh gay gắt quyền ký hợp đồng với cầu thủ này trong thời gian chuyển nhượng mùa đông 2003–04. Ban đầu, Juventus là đội bóng được lựa chọn hàng đầu cho chữ ký của Stanković thậm chí với cả hợp đồng sợ bộ được ký giữa hai bên được công bố vào đầu tháng 1 năm 2004[4], nhưng cuối cùng anh đã chọn Inter Milan. Việc chuyển nhượng anh là một phần của thoả thuận trực tiếp trị giá €4 cùng với cầu thủ quốc tế Macedonia Goran Pandev (thêm 50% hợp đồng của Pandev).[5][6]

Sự thật thì quyết định của Stanković đã bị ảnh hưởng bởi tin đồn người bạn cũ, đồng thời là đồng đội từng làm huấn luyện viên trưởng tại Lazio Roberto Mancini được cho là sẽ sớm đảm nhiệm chức vụ huấn luyện viên trưởng tại Inter. Đầu tháng 2 năm 2004, Stanković đá trận đầu tiên tại đội bóng mới dưới sự chỉ đạo của huấn luyện viên trưởng Alberto Zaccheroni, trong trận đấu tại giải Serie A với đối thủ Siena. Ngày 21 tháng 2 năm 2004, anh ghi một bàn thắng đặc biệt trực tiếp từ chỗ đá phạt góc mở tỉ số cho Inter 1–0 vượt lên trong trận Derby della Madonnina với đối thủ cùng thành phố Milan. Inter hoàn thành mùa giải ở vị trí thứ tư, giành được vé dự Champions League. Tuy nhiên, chủ tịch Massimo Moratti đã không bảo đảm cho Zaccheroni và vào cuối mùa giải, giống như tin đồn, ông đã đem Mancini về từ đội bóng Lazio đang bị suy sụp về tài chính.

Mùa giải 2004-05

Huấn luyện viên trưởng mới đã cho Stanković chơi ở vị trí thích hợp và mang người đồng đội cũ từ Lazio gia nhập Inter - Siniša Mihajlović.

Ngày 7 tháng 5 năm 2006, Stanković chơi trận thứ 100 cho Inter.

Mùa giải 2006-07

Sau khi thi đấu tại giải 2006 World Cup, Stanković đã bắt đầu 2006–07 Serie A ở cấp câu lạc bộ một cách thành công, ghi được vài bàn thắng quyết định. Trận đấu của anh với đội Catania và bàn thắng đáng nhớ vào lưới đối thủ cùng thành phố Milan đã giúp nâng cao danh tiếng với các fan của Inter Milan.

Theo đánh giá chính thức của tờ La Gazzetta dello Sport, Stanković được bầu chọn là cầu thủ của trận đấu năm lần trong mùa giải 2006–07 Serie A. Anh ký hợp đồng mới với câu lạc bộ vào ngày 2 tháng 2 năm 2007 có thời hạn ít nhất đến năm 2010.

Mùa giải 2008-09

Tháng 6, 2008, đồng thời với sự thay thế huấn luyện viên trưởng mới của Inter là José Mourinho, nhiều suy đoán về sự ra đi Stanković cùng với Adriano, Hernán Crespo, David Suazo, và Nicolás Burdisso) vì lý do những cầu thủ này không được vị huấn luyện viên người Bồ Đào Nha tín nhiệm.[7]

Mùa giải 2010-11

Chơi dưới sự dẫn dắt của tân huấn luyện viên trưởng Rafa Benitez, Stanković tiếp tục vai trò trung vệ thông thường của anh.

Ngày 28 tháng 11 năm 2010, Stanković ghi một hattrick trong trận thắng 5-2 của Inter trước đối thủ Parma tại sân San Siro.